世界大战结束后，秘鲁的咖啡几乎都由小农生产，但早期咖啡合作社系统的腐败让大部分农民无法收到出口咖啡带来的利润，那些钱消失在个人银行账户里。此外，1980年国际咖啡协议配额制度的崩溃导致全球咖啡价格急剧下跌，该国的许多咖啡小农受到严重打击。

1990年至2000年担任秘鲁总统的Alberto Fujimori在上任后不久就制定了结构调整政策（SAPS）。这些措施包括削减开支和公共资产私有化(如能源公司、交通基础设施等)。它们在当时是获得国际货币基金组织(IMF)贷款的关键措施，但由于它们可能加剧贫困，特别是对弱势群体而言，仍存在争议。在咖啡产业上，SAPS引发了大规模的撤资。

能够找到工作的工人越来越少，而那些被雇佣的人面临着更长的工作时间和更少的保护。同时，由于道路破旧和其他基础设施问题，小农在将咖啡运往市场方面遇到了更多困难。此外，政府与“光辉道路”游击队发生冲突，暴力持续了十多年，对生活在农村地区的人造成影响。直到1992年领导人Abimael Guzmán被捕入狱，农村生活才恢复正常。

20世纪90年代中后期，“道德”采购政策的发展振兴了秘鲁的咖啡种植业，并为农场和基础设施提供了急需的投资。国际咖啡品牌专注于购买符合质量、经济、社会和环境表现标准的咖啡，这一举动推动了秘鲁咖啡生产的复兴，有机认证的咖啡特别受欢迎，秘鲁现在是世界上最大的有机咖啡生产国之一。

1995年至2005年，秘鲁咖啡的种植面积从16.3 万公顷增加到21.5 万公顷。这种爆炸性的增长标志着秘鲁在全球咖啡行业的独特地位，它和巴西是仅有的两个在咖啡价格处于历史低位时期增加咖啡种植面积的国家。

但有机农业也有一个缺点。咖啡叶锈病（Coffee Leaf Rust，简称CLR）从2012年开始席卷拉丁美洲，它对秘鲁的破坏性更大，因为有机农场在抗真菌剂和除草剂的选择上更为有限。时至今日，CLR仍然是整个拉丁美洲咖啡农场面临的主要问题。

今天，秘鲁咖啡种植地区广泛分布在高海拔的安第斯山脉周边，但以三个地区为主：Amazonas, San Martín和Chanchamayo。这个国家生产的咖啡具有坚果、巧克力味，香气迷人，有着舒适的果酸，醇厚度佳，口感平衡。