全国各大产区种植的主要品种比较接近，大部分是波旁(Bourbon),其次是帕卡斯（Pacas）和帕卡马拉（Pacamara）。咖啡产区遍及全国各处，其中以北部的Alotepec-Metapan高山区和西部的Apaneca-Ilamatepec火山区最为出名。

阿洛特佩克-梅塔潘（Alotepec-Metapan）

这个山区是萨尔瓦多最潮湿的地区，雨量比其他产区多三分之一，有富含营养的黏土土质，咖啡的种植海拔在1200米~1800米。大多数咖啡农场采用遮荫种植咖啡，这促进了生物多样性并有助于维持生态系统的平衡。来自梅塔潘山地的咖啡有着明亮的酸度和中等的醇厚度，通常带有柑橘类的香气，以及茉莉花、红苹果和杏子等花香和果香，一些咖啡还可能表现出焦糖、巧克力或坚果的味道。

阿帕内卡-伊拉马特佩克（Apaneca-Ilamatepe）

位于萨尔瓦多的西部，布满森林、湖泊以及火山的群山之中，包括高达2381米的著名的伊拉马特佩克火山，种植海拔大约在800~2300米之间。这里以肥沃的火山土壤和多样化的微气候而闻名，拥有萨尔瓦多最大的商业豆产量。

Cacahuatique，位于东部，地处以沙地为主的山系之中，海拔约 1,500 至~1,800 米，属于萨尔瓦多较小的咖啡产区。“Cacahuatique”这个名字来源于土著纳瓦特尔语，意思是“可可山”，因为这里在种植可可和咖啡方面有着悠久的历史，生产的咖啡带有红色果香和杏仁香。

Chinchontepec，位于中部，该产区主要分布在一个巨大的死火山口周围，在两侧山坡和火山口内都有咖啡种植，种植海拔在1000米~1500米之间，最常见的咖啡品种是波旁。Chinchontepec 咖啡通常带有焦糖、柑橘和花香。

Tepeca-Chinameca

位于萨尔瓦多东南部，海拔 1,300 至 2,000 米，咖啡带有巧克力、成熟水果的风味。